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最终成型的《哥吉拉 vs 碧奥兰蒂》( ゴジラvsビオランテ )剧本世界，可以说是靠哥吉拉拓展广度，并由碧奥兰蒂拉开情感纵深。
前情提要：【专题】平成哥吉拉：《哥吉拉 vs 碧奥兰蒂》来自少女漫画的植物怪兽 (03)
哥吉拉延续前作，被诱导落入三原山火口後，在毁坏的新宿留下了一些细胞组织；除了日本之外，美国四大生物公司的联合体「Bio-Major」、中东（虚构）国家「沙拉地亚」也纷纷派出特务来争夺这珍贵宝物。夺得细胞的沙拉地亚，从日本请来了顶尖生物学者白神博士和女儿英里加来打造抗旱小麦，以摆脱从美国输入粮食的束缚；但企图巩固粮食输出霸业的 Bio-Major 却发动炸弹攻击，销毁了哥吉拉细胞，英里加也因此丧生。若了解到美国在世界各地为维持其霸权而做过的事情，便会觉得这样的描述设定其实是很贴近现实的。
Table of Contents
- 科技来自於人性的恐惧和慾望
- 因爱而生的「碧奥兰蒂」
科技来自於人性的恐惧和慾望
五年後，放弃研究的博士像是死守着女儿般地，和她生前留下的玫瑰待在芦之湖畔的植物研究室。但同时，再次开始活动的火山迫使日本政府必须开发新的对哥吉拉武器，而这时代最新颖的构想就是生物基因──利用哥吉拉细胞制造能吃核能物质的细菌，直接从哥吉拉体内夺走能量。
虽然这设定就物理来说不甚合理，但其想法却颇能看出「核」在该时代的阴影。从 1984 到 1989 虽然才相差五年，中间却发生了一件核能相关的大事件── 1986年苏联的车诺比核电厂事故，造成了人类史上最严重的核污染。在苏联解体导致冷战结束前，世界可说同时处在核电厂和核弹的双重阴影下。「抗核菌」可以说是在这种忧虑中的愿望──如果能让核能无效化，不管是用来破坏核弹，或者是清除核电厂灾害的外泄物，都会是最治本的理想方法。
这种理论上说不通但考量十分出於现实的想像，跟前作里哥吉拉直接拔起核反应炉吸光核物质、甚至靠着两颗核弹在东京上空互爆来充能的想像相比，可说是经历了真实事件的洗礼後才有的天壤之别。
因爱而生的「碧奥兰蒂」
日本虽然也有保留哥吉拉细胞，但唯一能作出抗核菌的只有白神博士。博士成功作出了抗核菌，却暗自把哥吉拉细胞和玫瑰花融合起来──原来他早就将女儿的基因融入了玫瑰中，但火山爆发的地震意外造成玫瑰死去，他只能用哥吉拉的不死之力为她续命──因此在哥吉拉尚未复活前，三种生命融合的怪物碧奥兰蒂就已经在芦之湖现身了。据小林晋一郎的说法，他会描绘出这样的情节，其实是因为看到自己熟睡中的妻儿，而开始想像出科学家为了让最爱的人永存，而以技术踏进了恶魔的领域。
因为爱的深刻而超越规范，又因为科学的力量而自认为无所不能，因而打破了界限，造成更大的伤害──这样的剧情已经不再是元祖《哥吉拉》中，山根博士和芹泽博士那种目睹哥吉拉行径而作出价值判断的旁观科学家，而是科学家带着强烈的人性慾望来为自己改变世界。日後科幻爱好者仍会继续在《新世纪福音战士》等题材中，继续看到同样的悲剧上演。
在哥吉拉这边，Bio-major 和沙拉地亚的哥吉拉细胞争夺冲突，并没有因碧奥兰蒂而中断，反而是火上加油──得知抗核菌存在的 Bio-major 直接向日本政府勒索，若不交出抗核菌就要人工引爆火山让哥吉拉复活；妥协了的日本政府却在交货时遭到沙拉地亚特务 SSS9 袭击，结果抗核菌被夺走，也没能阻止火山爆发，哥吉拉便随之现身。在突破了自卫队的包围网後，哥吉拉查觉到了碧奥兰蒂的存在，而往牠所伫立的芦之湖前进。
