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睽违 9 年於 1984 年复活的哥吉拉，随即又再次进入休眠期。时间来到 5 年後的 1989 年，日本年号正式从昭和改为平成，而哥吉拉也终於在这年蜕变成真正的「新哥吉拉」──《哥吉拉 vs 碧奥兰蒂》彻头彻尾刷新了哥吉拉的一切，多方面的紮实精良不仅让本片成为哥吉拉系列的顶点，也成为哥吉拉再度翻红的关键作。
前情提要：【专题】平成哥吉拉：1984《哥吉拉》重新抓住现实，写实加倍视效更翻倍 (02)
1984 年《哥吉拉》虽然重振了哥吉拉的票房和话题性，特效上也有令人耳目一新之处，但剧情却有广而稀薄的问题。虽然拉开国际视野，但每个部分都显得不够深入，尤其是主要人物的对白互动，甚至给人情绪断裂的感觉。因此，加重剧情成了《哥吉拉》续集的重要方针；公开的故事徵稿比赛，也在《哥吉拉》上映後的 1985 年立刻开跑。
当时，一位叫小林晋一郎的牙医博士偶然间看到了公开徵稿讯息。虽然很久以前曾经投稿《超人力霸王系列》的剧本而被采用过一集，也曾经投稿过漫画新人奖，但这时候的他已经发表完博士论文，并在齿科大学底下工作。抱持着东宝既然开了大门、就算落空也要试一把的决心，小林翻出了过往创作中发想的各种点子，而找到了「碧奥兰蒂」。
兽化的花「碧奥兰蒂」诞生
据小林晋一郎所言，「碧奥兰蒂」原本是为了少女漫画所创。深受萩尾望都影响而一度有志少女漫画的他，虽然最终未能成为职业漫画家，却留下了碧奥兰蒂的原案──科学家为了让病死的孩子活下去，而把孩子的基因和植物合成出永远不死的生命。决心投稿哥吉拉原案後，小林为了让碧奥兰蒂成为哥吉拉电影中的对战怪兽，而替植物加上醒目的美丽花朵，来对映哥吉拉的单色表皮。在他的想像中，碧奥兰蒂不仅能将人同化为花，甚至也能够同化哥吉拉，有着一种和哥吉拉相反的阴柔式恐怖。
某方面来说，「对抗哥吉拉的碧奥兰蒂」其实有点类似摩斯拉这样的「反哥吉拉」，一如小林自己所形容的，「刚对柔、暗黑对华丽、现实性对幻想性」。巧合的是，小林也出於吸引女性观众，而「应用了少女漫画的方法论」，安排了两名女性担任主角来带动故事（虽然没像小美人那麽奇幻就是了）。这个故事最终在五千多份的投稿中脱颖而出，成为了《哥吉拉》续集的基本架构。
不过正式开拍《哥吉拉 vs 碧奥兰蒂》，已经是小林中选後三年的事。除了故事修改、剧本撰写、导演档期等等因素，为了将小林的碧奥兰蒂实体化，也是费煞了不少设计者的苦心。而这一切的漫长筹备确实有其价值──从剧本开始，《哥吉拉 vs 碧奥兰蒂》的许多环节，在哥吉拉系列电影中都是数一数二地杰出。
